Die in der Nähe der Iguazú-Wasserfälle lebenden Guaraní binden einen Priester an ein Kreuz und lassen es die Wasserfälle hinabstürzen. Ein weiterer Pater namens Gabriel wird geschickt. Er wagt den Aufstieg an den Wasserfällen und nimmt durch das Spiel auf einer Oboe Kontakt zu den Guaraní auf. Diese nehmen Gabriel daraufhin bei sich auf. Ihm bleibt das Schicksal seines Vorgängers erspart. Dadurch wird es ihm möglich, die Guaraní an den christlichen Glauben heranzuführen.
Durch den Vertrag von Madrid (1750), der die Grenzen zwischen dem portugiesisch kolonisierten Brasilien, wo Indianersklaverei legal ist, und den spanischen Kolonien Südamerikas, in denen sie abgeschafft ist, neu festlegte, geraten die Jesuiten-Missionen in portugiesisches Herrschaftsgebiet und sind den Überfällen der Bandeirantes ausgesetzt, die die Guaraní versklaven wollen.
Der portugiesische Soldat und Sklavenhändler Rodrigo Mendoza tötet seinen Halbbruder aus Eifersucht in einem Duell. Er ist verzweifelt und bricht mit seinem bisherigen Leben. Mendoza schließt sich aus Reue einer Jesuiten-Mission an, die sich um die bedrohten Ureinwohner kümmert. Mendoza findet in der Arbeit der Dschungelmission, die von Pater Gabriel geleitet wird, seinen Seelenfrieden.
Einer Kommission mit Altamirano an der Spitze wird das Problem der Jesuitenmissionen, die nicht unter portugiesischen Einfluss geraten wollen, vorgelegt. Dieser besucht daraufhin die Mission, lässt sich von der urchristlichen Atmosphäre berühren, genießt ihre Musikalität, um sodann in die Kolonialstadt zurückzukehren und realpolitisch zu entscheiden, dass der Vertrag der beiden Monarchien einzuhalten ist und die Jesuiten sich den päpstlichen Weisungen in Gehorsam zu fügen haben.
Das bleibt nicht ohne Folgen …
In der Welt des 18. Jahrhunderts zählt nur Macht. Macht hat, wer Gold hat, mit dem man Waffen kaufen kann. Wer Waffen hat, holt sich Gold. Und dazwischen agiert die Kirche. Die reichste Spielerin auf dem Feld; aber nicht unbedingt die Mächtigste. Sie jagt ihren Mitgliedern Angst ein durch Beschwörung von Hölle, Teufel und Fegefeuer. Aber sie hat kein Stahl um zu erobern, sie kann ihre globale Maycht nur durch das Wort ausbauen, sie kann missionieren.
Aber Mitte des 18. Jahrhunderts ist diese Kirche ein nur noch um sich selbst kreisendes Macht-Mobile, mehr beschäftigt mit Machtkämpfen im Inneren als den Glaubenskämpfen in der Welt. In dieser Gemengelage treffen die Kirche sowie Portugiesen und Spanier, damals zwei Weltmächte, im brasilianischen Dschungel und streiten um das Volk der Guaraní. Die Kirche will sie missionieren, die Portugiesen sie versklaven, die Spanier ihre Grenzen schützen.
Der ganze Zynismus realpolitischer Kirchenentscheidungen wird deutlich, nachdem Altamirano, der oberste Kirchenherr in der Region, der Heimat der Guaraní einen Besuch abstattet und feststellt, diese lebten in „einem Garten Eden, nur ein bisschen verwildert“. Altamirano kommt ins Zeifeln und fragt sich, „ob diese Menschen nicht besser dran wären, wenn der Wind unsere Schiffe nicht zu ihnen gebracht hätten“. Und dann kehrt er in die Stadt zurück und entscheidet, den Sachzwängen seiner Kirche und des brüchigen Friedens gehorchend, das Paradies zu zerstören. Roland Joffé und sein Autor Robert Bolt machen an dieser den Irrsinn dieser Geschichte, die auf realen Ereignissen basiert, deutlich: Die Guaraní leben im Paradies, sollen sich aber nun ausbeuten, ja abschlachten lassen, um ins Paradies zu gelangen. Kühl wird in einem Dialog dazu angemerkt, nicht die Existenz Gottes stehe auf dem Spiel, sondern die des Jesuitenordens.
Diesen Irrsinn des Glaubens am eigenen leib durchleben muss der portugische Sklavenhändler Rodrigo Mendoza, der vom Saulus zum Paulus wird, christlichen Glauben und Frieden findet, fast Heiligenstatus erfährt und schließlich Mensch wird, der die Indianer auch mit der Waffe verteidigen will. „Du hast Dein Leben Gott geweiht. Und Gott ist Liebe!“, sagt Pater Gabriel seinem Schüler, der bitter enttäuscht abwinkt: „Gott hat sie doch schon verlassen.“
Robert De Niro spielt diesen Rodrigo mit großem Ernst und Leidenschaft. Als Sklavenhändler pragmatisch unterkühlt, als verstoßener Liebhaber wild und als später Padre ein Grübler – eine wunderbare Rolle für Großschauspieler De Niro (Brazil – 1985; Der Liebe verfallen – 1984; Es war einmal in Amerika – 1984; "King of Comedy" – 1982; "Wie ein wilder Stier" – 1980; Die durch die Hölle gehen – 1978; New York, New York – 1977; Der letzte Tycoon – 1976; 1900 – 1976; Taxi Driver – 1976; Der Pate II – 1974; Hexenkessel – 1973). Sein Mentor, Gabriel, spielt der Brite Jeremy Irons, der bislang in der Rolle des eleganten Liebhabers aufgefallen ist ("Eine Liebe von Swann" – 1984; "Betrug" – 1983; "Die Geliebte des französischen Leutnants" – 1981). Hier bietet er als glaubensfester Seelsorger, Kümmerer und Pragmatiker eine Charakterdarstellung mit Tiefgang, ein nötiges Gegengewicht zu De Niros Urgewalt. Ein Auftritt, der hängen bleibt, lange nachdem der Kinovorhang sich geschlossen hat.
Ein dritter Hauptdarsteller ist de Musik Ennio Morricones (Spiel mir das Lied vom Tod – 1968; Für eine Hand voll Dollar – 1964), dessen Panflöten-Score dem Dschungel einen eigenen Charakter geben, angereichert mit Songs der irischen Sängerin Enya, deren Radiotauglichen Hits klingen, als sewien sie hier entstanden.
Es ist ein grausamer Film, der den Zynismus offenlegt, in dem die Kirche mit der Politik, mit den Interessen der Nationalstaaten lebt: Opium fürs Volk. Von wegen: Halt die andere Wange hin! – da geht es nicht mehr um zwei, die sich streiten. Es geht hier um ein ganzes Volk, dass zwischen den Interessen zweier Kolonialmächte zerrieben wird, wozu die Kirche ihren Segen gibt, weil sie eigene Machtinteressen verfolgt, die mit Menschen, Gottes Geschöpfen, gar nicht zu tun haben. Joffés Film ist nicht der erste, der das kritisiert, aber er tut das mit spektakulären Bildern in einer spektakulären Naturkulisse. In dieser Schönheit könnte man leicht an die Existenz eines Gottes glauben, wären da nicht dessen scheinheilige Vertreter auf Erden, die den Glauben sofort wieder zerstören.
Der päpstliche Gesandte Altamirano fragt den Befehlshaber der Truppen, ob das finale Massaker an den Guaraní notwendig gewesen sei. Zur Antwort bekommt er, dass sie in der „realen Welt“ agieren müssten, die „so“ sei. Darauf antwortet Altamirano, „Wir haben die Welt so gemacht“, und nach einem Augenblick fügt er gen Himmel schauend hinzu, „er hat die Welt so gemacht“. Am Ende des Films zitiert er aus seinem Bericht an den Papst, in dem er offenbart, er fühle sich seither „tot“.
„Wenn Macht Recht ist, hat die Liebe keinen Platz in der Welt!“, sagt Pater Gabriel.
Der im Film erwähnte Vertrag von Madrid erlaubte eine große Expansion portugiesischer Territorien. Der Vertrag beruht auf dem Prinzip des römischen Rechts, dass „uti possidetis, ita possideatis“ (= demjenigen, der das Besitzrecht ausüben will, muss es auch gehören).
Als Ergebnis des Vertrages übergab Portugal Spanien Colonia del Sacramento (Art. XIII) und erhielt im Gegenzug die südlichen Territorien an der Quelle des Río Ibicuí, die Missionen, das Grenzrecht am Rio Guaporé und überließ ihnen die westlichen Territorien des Japurá-Flusses in der Amazonas-Region und die Flussschifffahrt auf dem Río Içá (Art. XIV). Im Kriegsfall zwischen den beiden Staaten Spanien und Portugal in Europa bleiben die Kolonien in Südamerika im Frieden (Art. XXI).
Dieser Vertrag geht vom Zugang verschiedener Jesuitenreduktionen (siehe auch: Jesuitenreduktionen der Guaraní) vom Oberlauf des Río Uruguay von portugiesischer Seite aus. Da die Versklavung von Indianern in Portugal zu diesem Zeitpunkt legal war, erhoben sich die Missionen gegen den Vertrag und wehrten sich mit den Mitteln des Guerillakrieges gegen die spanischen und portugiesischen Soldaten, die die neuen Grenzen verteidigten, und die Bandeirantes, die immer wieder in die Missionen einfielen, um Indígenas zu entführen und sie als gebildete Sklaven in Brasilien zu verkaufen. Vor diesem Hintergrund spielt der Film „Mission“.