Mäusedame Brisby hat Probleme. Just, als sie mit ihrer Familie aus der behaglichen Wohnung unter einem Stein am Feldrand ausziehen müsste, erkrankt ihr jüngster Sohn und darf nicht transportiert werden. Hilfesuchend wendet sie sich an die Tiere in der Nachbarschaft; und kommt so zu den Ratten von NIMH. Es sind Mutanten – verändert durch Tierversuche am Institut NIMH.
Die Ratten, zauberhaft mächtig, wollen auch gerne helfen, zumal Brisbys verstorbener Mann bei den Ratten hohes Ansehen genießt. Allerdings haben sie eigene Probleme. Ein Usurpator will die Macht an sich reißen und bedroht das Leben Aller. Schlechte Karten für Familie Brisby. Aber man hat ja Freunde im Feld …
Eine Feldmaus erfährt das Geheimnis der intelligenten Ratten und rettet ihre Kinder vor dem drohenden Pflug. Zum Teil sehr phantasievoll gestaltet, findet der Zeichentrickfilm nicht die rechte Balance zwischen Fantasyelementen und eher oberflächlich-lustigen Passagen. Einige allzu angsteinflößende Szenen lassen ihn für kleinere Kinder nur bedingt geeignet erscheinen.
"The Secret of NIMH" war der erste Zeichentrickfilm, den Don Bluth unter eigener Flagge produzierte. Der ehemalige Chefzeichner bei Disney hatte sich in den 1970er Jahren von den Zeichenkönigen getrennt, weil die, wie er sagte, nur noch Kommerz wollten, aber kein Herz mehr böten.
Nach Anastasia (1997) versuchte Bluth im Sommer 2000 mit Titan A.E., neue Zeichentrickwelten zu begehen. Der Erfolg an der Kinokasse blieb ihm verwehrt.