Wir schreiben das Jahr 2035: Nachdem die Atmosphäre des Planeten Erde im Jahr 1996 durch einen geheimnisvollen Virus vergiftet wurde, haben die Menschen sich eine neue Welt unter der Erde erschaffen. Es ist ein erbärmliches Leben, dass die Menschen nur zu gerne ungeschehen machen würden.
Die wenigen, die die Katastrophe überlebten, wählen den Kriminellen James Cole aus und schicken ihn mit einer Zeitmaschine zurück ins Jahr 1996. Dort soll er die Sekte der „12 Affen“ ausfindig machen, die für die Verseuchung der Atmosphäre verantwortlich gemacht wird. Durch einen Programmierfehler landet Cole sechs Jahre vor seinem eigentlichen Ziel, wo man den verstört wirkenden Mann erstmal ins Irrenhaus einsperrt.
Hier macht er die Bekanntschaft des verrückten Wissentschaftlersohnes Jeffrey Goines und dessen Psychiaterin Kathy Reilly …
Nachdem Terry Gilliam mit Filmen wie Brazil (1985) oder König der Fischer (1991) vornehmlich Kritiker und seine Fangemeinde begeistern konnte (die freilich schon 1975 bei Die Ritter der Kokosnuss groß war), wurde "Twelve Monkeys" sein großer Durchbruch. Nicht mehr nur die Kritiker und seine Fans strömten in die Kinos, sondern auch Menschen, die Gilliams speziellem Humor und Erzählstil bis dato wenig abgewinnen konnten.
Die Drehbuchautoren David Peploes (Blade Runner – 1982) und seine Schwester Janet ließen sich bei ihrem Script von dem französischen Kurzfilm "La Jetee" inspirieren, den Chris Marker 1962 drehte. Das 27minütige Werk besteht nur aus einer Folge verstörender Schwarzweißfotos und hat (ganz im Gegensatz zu "Twelve Monkeys") keine eigentliche Handlung.